1、漁業(yè)環(huán)境質量檢測

漁業(yè)生態(tài)環(huán)境監(jiān)測、預警和診斷技術，污染生態(tài)學和環(huán)境安全評價技術，健康養(yǎng)殖和退化水域生態(tài)系統(tǒng)重建與修復技術，濕地生態(tài)系統(tǒng)保護技術，漁業(yè)生態(tài)環(huán)境質量的管理技術。

2、污染物毒理學及控制技術和生物修復

主要有魚類毒理學研究，內容涉及各種水體污染物、魚用藥物及其在水環(huán)境中經(jīng)物理、化學和微生物降解后的次生產(chǎn)物對魚類的急性毒性、亞急性毒性、慢性毒性、生化毒性和遺傳毒性的影響。生物修復與環(huán)境微生物學：通過從自然環(huán)境中篩選出具有快速降解水環(huán)境污染物的高效有益菌種并進行復配，利用微生物的共基質代謝，通過微生物種群的特性和群落的結構與功能來改變水體環(huán)境中各種物質的存在形式和數(shù)量，從而引起與之相關聯(lián)的其它生物種群的變化，并通過生存競爭的方式來抑制病原生物的繁殖，對養(yǎng)殖生物機體內的微生態(tài)和養(yǎng)殖生物生存的水體生態(tài)系統(tǒng)進行全方位的生物修復，以達到健康養(yǎng)殖、生產(chǎn)綠色無公害水產(chǎn)品的最終目的。利用現(xiàn)代生物技術實現(xiàn)污染控制與污水資源化的研究：通過細胞融合、轉基因等技術構建具有多種優(yōu)勢的富含蛋白質的生物細胞，在轉化污染物的同時生產(chǎn)單細胞蛋白。

3、水產(chǎn)品質量安全監(jiān)控

重點研究水產(chǎn)生物的組織成份，對餌料營養(yǎng)物和添加物的消化、吸收及積累機制，對水中有毒物的滲透、吸收和積累過程進行研究；查明有害物質在組織中的分布以及與水產(chǎn)品質量相關成份的變化和質量下降的原因；研究快速檢測技術和質量評價技術，水產(chǎn)品質量標準制定等，為水產(chǎn)品質量監(jiān)控提供科學依據(jù)。